等研究人員、嚴復、楊守敬等先後進入工作崗位，學校終於進入正常的工作狀態。孫元起可以在這個時候歇一口氣，靜下心來做自己的一些事情。

編譯教材是細水長流的活兒，一口吃成胖子是不行的。學校日常工作、每日給學生解答問題都是例行工作。好在有了兩筆捐贈，這三萬兩銀子使得學校的財政輕鬆不少，否則孫元起就得夜夜失眠了。

這些工作佔據了孫元起的絕大部分時間。從美國回來，一直到十月底的五六個月的時間裡，完全沒有心思靜下心來攢論文，也沒有任何成果發表。這完全不符合西方科學家對這位東方神奇青年的印象：那個遠東小子，可是喜歡沒事兒就發幾篇別人看不懂的長篇論文，或者折騰出新鮮的實驗來考驗傳統自然科學家神經的！

盧瑟福、馬丁、羅西這幾位教授都知道孫元起在建設一所學校。他們認為，是這些社會性事務耽誤了孫元起正常的科學研究，這讓盧瑟福等人很不滿：要知道，孫元起的很多研究是走在世界前沿的，甚至可以說是領導自然科學向前發展的重要人物，怎麼能停下腳步去做這些管理性的工作呢？

孫元起乘著這段時間的空閒，決定把量子力學的概念徹底推出來：先從德布羅意波理論入手，用戴維森的低能電子散射實驗、湯姆遜的高能電子衍射實驗驗證物質波的正確，再由此分別建立海森堡矩陣力學、薛定諤波動力學，最後從數學上證明這兩種理論的等價性。因為矩陣力學、波動力學這兩種理論都是以微觀粒子具有波粒二象性為基礎的，故可稱量子力學。

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