例如：雖然在《內經》中有許多解剖學的內容，但許多人認為：解剖學是現代西醫發展的基石，中醫的醫學理論體系特殊，沒有以解剖知識為基礎。否認中醫理論體系是建立在古代解剖知識的基礎上的，那麼中醫理論體系又是從哪裡來的呢？難道是從神仙那學來的？這種認識的實質只不過是不願承認自己的錯誤罷了。

《內經》中的藏象學說就是在古代解剖學基礎上，透過臨床觀察並加以總結而形成的對人體內部器官解剖和生理的認識。其中許多內容是已經被現代醫學所證明，例如：肺主氣；心主血脈…。

作為兩千多年前的東西存在爭議在所難免，最著名的就要數爭論了兩千多年的“心主神明”還是“腦主神明”的問題了。每一位中醫學子，在進入中醫院校的第一學期都要學習《中醫基礎理論》，書中對神有兩種解釋，一種稱為廣義的神，即指整個人體生命活動中的內在變化和外在表現的結合；另一種是狹義的神，即指心所主的神態，即人的思維意識活動。藏象一章中白紙黑字寫著：心主神志，即心主神明，亦稱心藏神，是指心具有主宰人體一切生理活動和人體意識思維活動的功能。因為現代中基將神明解釋成思維意識活動，所以心主神明還是腦主神明的問題也就變成了是心還是腦在主思維意識活動了。對於這個問題，無論是中醫還是西醫都爭論過。可能是因為後世醫家更崇尚中心位置，所以把精神活動這一重任交給了更位於中心位置的心臟；或許後世的醫生觀察到人們受到情志的刺激時往往最先表現的是心臟跳動加快，然後是昏厥，而心臟的疾病會導致患者迅速死亡，往往不給醫生搶救的時間，所以在很長的時間裡中、西醫都更傾向於心主思維意識活動的判斷。在西方亞里士多德認為心主思維，這一“定理”直到公元十六世紀才由近代解剖學的奠定人維薩留斯加以更正。

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